Mässkär on verrattain nuori saari. Maaperä kohoaa Pohjanmaalla 8 – 9 mm vuodessa. Sen perusteella voi laskea, että Mässkär nousi merestä noin vuonna 700 j Kr. Seuraavien vuosisatojen aikana Mässkär jatkoi kasvamistaan, mutta koska saaren korkeimmat kohdat muodostuvat kallioista, kesti kauan ennen kuin Mäskäristä oli hyötyä paikallisille asukkaille. Seudun maalaisväestö käytti rannikon saaria karjan laiduntamiseen ja tukikohtina kalastukselle. 1940 – luvulla lopetettiin lammasten laiduntaminen Mässkärillä ja saarta alettiin hyödyntämään kaupunkilaisten kesäparatiisina. 1950 – ja 1960 luvulla rakennettiin saarelle useita kesämökkejä joiden yhteenlaskettu määrä on tänään 51 kappaletta.
Jo keskiajalla oli Pedersören pitäjässä hyvä satama ja markkinapaikka. Vuonna 1652 perustettiin paikallisen väestön toivomuksesta tälle paikalle Pietarsaaren kaupunki. Mässkärillä on ollut merenkululle merkitystä koska laivojen luotsaus on tapahtunut saarelta vuosisatojen ajan. Jo aikaisella 1700 – luvulla pystytettiin ensimmäinen ”pooki”, eli puurakenteinen majakkamainen merimerkki Mässkärille. Nykyinen on pystytetty vuonna 1856.
Krimin sodan aikana 1854 ”pooki” purettiin ja kaikki merimerkit poistettiin väylältä, jottei englannin laivasto löytäisi tietä Pietarsaareen. Krimin sodan jälkeen ”pooki” pystytettiin uudelleen ja vanha luotsitupa rakennettiin. Uusi luotsiasema rakennettiin 1956 – 1958 ja tiloihin asettui myös merivartioasema.
1991 merivartioasema poistui Mässkäristä ja vuonna 1994 luotsit muuttivat Alholman satamaan.
Luotsiaseman otti sen jälkeen käyttöönsä aatteellinen yhdistys, Föreningen Mässkärs lotsstation r.f., joka ylläpitää luontoaseman ravintolaa, yöpymistiloja, kokoustiloja ja saunatiloja. Yhdistys järjestää myös opastusta vierailijoille.